感染動物はウイルス血症を起こすため，皮膚，臓器，筋肉，血液，リンパ節，骨などすべての組織にウイルスが含まれ感染源となる［24, 56, 71, 72, 115］．一般にと殺動物では，死後硬直が始まり最大硬直期に至るまで，解糖産物である乳酸が筋肉内に蓄積してpHが低下する．このため，筋肉内に含まれる口蹄疫ウイルスは徐々に不活化される．牛の筋肉ではこの傾向が顕著で，牛の筋肉内pHは，2ではと殺後3時間で低下しはじめ，通常48時間でpH 5.5近辺まで低下する（極限pH）［11］．しかし，乳酸の生成によるpHの低下は豚肉では牛肉ほど明瞭なものではなく，さらに個体ごとにばらつきがみられる［43］．豚の筋肉内pHは，実験成績では37では7時間以内にpH 5.5まで下がるが，一般的なと体処理条件ではpH 5.7以下にはならない場合が多い［43］．筋肉をと殺後ただちに冷凍した場合にも，乳酸の生成は停止するのでウイルスは不活化されないことになる．また，大量のウイルスを含むリンパ節，骨髄，筋肉内の大きな血管に残存する血餅などは，と殺後も乳酸によるpHの影響を受けないので，ウイルスは長期間残存する．牛の例では，リンパ節，骨髄，血餅中のウイルスは，4では3〜7カ月間不活化されていない［71］．また，実験感染豚を用いて塩漬乾燥調理したハム，ベーコン，ハム脂肪および付属骨髄には，ウイルスはそれぞれ182日，190日，183日，89日間生残する［78, 81, 88］．（Table 5およびTable 6）